Родился 20 мая 1944 года.

Высшее образование получил в Санкт-Петербургской академии театрального искусства в 1973 году (в то время – Ленинградский институт театра, музыки и кинематографии), позднее учился на двухгодичных курсах Государственного комитета по кинематографии в Москве.

Йонас Вайткус работал главным режиссером Шауляйского драматического театра, главным режиссером Каунасского государственного драматического театра, режиссером на Литовской киностудии, художественным руководителем Государственного литовского драматического театра, преподавал актерское мастерство в Литовской академии музыки и театра, Эмерсон колледже (США), Статен Театре в Норвегии, Хельсинкской государственной высшей театральной школе, Копенгагенской национальной театральной школе, Краковской театральной академии.

1989-1995 годах - художественный руководитель Государственного Литовского драматического театра. С 2008 года - главный режиссёр Вильнюсского русского драматического театра.

Награжден Государственной премией Литвы, государственными премиями Советского Союза, призом «Золотое руно» в Тбилиси, призом «Св. Христофор» как лучший режиссер года, Золотым крестом сцены и Национальной премией.