Родился 20 января 1952 года в Славгороде Алтайского края.

Заслуженный деятель искусств РФ (2001).
Народный артист Российской Федерации (2010).

В 1969-1970 годах работал художником-конструктором на Павлодарском тракторном заводе, затем служил в армии. В 1976 году окончил Свердловский архитектурный институт, в 1978-1982 годах работал художником-постановщиком на Свердловской киностудии, участвовал в создании фильмов "Гонка с преследованием", "Дым Отечества", "Казачья застава", "Вот такая музыка". В решении Владимира Хотиненко попробовать себя в кинематографе большую роль сыграла встреча с Никитой Михалковым во время службы в армии. Впоследствии Хотиненко работал у него ассистентом на картинах "Обломов", "Пять вечеров", "Родня". В 1981 году он окончил Высшие курсы сценаристов и режиссеров. Дебютом Владимира Хотиненко как постановщика стала приключенческая картина "Один и без оружия", снятая им в 1984 году совместно с П.Фархутдиновым. Фильмом "Зеркало для героя" (1987) Хотиненко ярко заявил о себе как о многообещающем режиссере, и последующие работы выдвинули его в число ведущих российских мастеров кино. Большой отклик у зрителей и специалистов вызвали фильмы Владимира Хотиненко "Макаров" (1993) и "Мусульманин" (1995), особенно второй.

В 2001 году режиссер начал сотрудничество с телевидением, выступив в качестве постановщика четырех частей "возрожденного" сериала "Следствие ведут Знатоки". Это сотрудничество имело продолжение - в 2004 году на экранах появился снятый Хотиненко исторический сериал "Гибель империи" (продолжение сериала "Империя под ударом") с участием ведущих актеров современного российского кинематографа. Наибольший резонанс среди работ последнего времени имела драма о гибели подводной лодки "72 метра" (2003), поставленная по мотивам повести писателя Александра Покровского.

Как актер снялся в картинах "Казачья застава" (1982, реж. Виктор Живолуб), "За кем замужем певица?" (1988, реж. Олег Николаевский), "Самолет летит в Россию" (1994, реж. Алексей Капилевич). Был сценаристом и продюсером нескольких своих картин. Преподает во ВГИКе (руководитель мастерской режиссуры игрового кино), с 1999 ведет режиссерско-сценарную мастерскую на Высших курсах сценаристов и режиссеров (совместно с Павлом Финном).